제2막 

타미노와 파파게노는 어떠한 경우에도 침묵을 지켜야 한다는 시련을 겪는다.
모노스타토스는 잠자고 있는 파미나를 유혹한다.
그러나 밤의 여왕이 등장이 그것을 방해한다. 
밤의 여왕은 딸 파미나에게 사라스트로를 죽이라고 칼을 준다. 
파파게노가 늙은 여인의 정체가 밝혀지기 직전에 천둥소리가 나고 그 여인은 사라진다. 
세 천사가 나타나서 파파게노에게 음식물을 준다. 파미나가 타미노를 만난다. 
그러나 말을 하지않고 있는 타미노를 발견하고 파미나는 절망한다.
사라스트로는 사랑하는 사람들에게 헤어지라는 시련을 준다. 
파파게노는 시련을 이기지 못하나 신의 가호로 벌을 면한다.
파파게노는 자기도 사랑을 원한다고 말한다. 
결국 늙은 여인이 파파게나로 변신되고 그들은 사랑하는 사이가 된다. 
파미나는 자살을 기도한다. 그러나 세 천사가 타미노의 그녀에 대한 진실한 사랑을 알린다.
파미나는 최후의시련을 받게 된다. 
파미나와 타미노는 불과 물의 시련을 받고 이긴다. 파파게노도 자살 직전이다. 
그러나 결국 파파게나와 결합된다.
밤의 여왕, 여왕의 세 자녀, 배신자 모노스타토스가 
사라스트로의 신전을 파멸하려고 시도하나 실패로 끝난다. 
결국 사라스트로는 착함과 진실의 승리를 선언하고 타미노와 파미나의 결합을 축하한다.